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Após o término do incrivelmente popular MMORPG de realidade virtual "The World", uma nova versão do jogo — The World R:2 — é trazida online. Em seu primeiro dia no jogo, o recém-chegado Haseo acha que fez alguns amigos para tentar. No entanto, como se zombando de seus sentimentos, eles matam seu personagem apenas por diversão. Felizmente, ele é salvo por um misterioso jogador de um braço chamado Ovan que se oferece para mostrá-lo ao redor do mundo. Ao lado de Ovan e seu amigo clérigo Shino, Haseo desfruta de um maravilhoso primeiro ano no jogo. Mas esta vida pacífica é destruída quando o personagem de Shino é morto por uma figura familiar notoriamente conhecida como Tri-Edge, cujas vítimas caíram em coma no mundo real. Em um acesso de raiva, Haseo promete encontrar o esquivo Tri-Edge e matá-lo. Acontecendo durante o primeiro ano de Haseo em The World, .hack//Roots explora as amizades que Haseo construiu no jogo antes de Tri-Edge arrancá-las.